这无疑是打草惊蛇。
这个刺王杀驾的案子，恐怕会引来一场血雨腥风。
孙承宗不敢怠慢，恐怕夜长梦多，让骆明先带着人稍作休息就赶回滁州，他与銮驾第二天启程，到滁州与朱由校汇合。
还没有到规定的十日之约，銮驾就从中都出发了。沿途之中，人们远远的想瞻仰皇帝尊容，然而，銮车密不透风，根本就看不到人，何况无人敢近前。途径定远等地，也是不见官员，稍作休整就离开，继续南行。他们所经沿途各县基本没有停留，朝行暮宿，两日时间就赶到了滁州。
朱由校在滁州府，一边等待銮驾的到来，一边静心的思考着这次遇刺案该如何追查。
他们到了滁州府，銮驾才停下来休整，滁州知府在明知銮驾没有皇帝的情况下，也算做了一次演员，在城外率滁州府官员和全城百姓举行了盛大的迎接。
在后衙，朱由校见到了孙承宗，君臣二人相见，朱由校是倍感交集，孙承宗也伏地说道：“陛下受惊，骆指挥使已经将陛下在滁州遇刺事告诉我了，臣惶恐，不能在陛下左右，最该万死！”
朱由校伸开双手将他扶起，“师傅不要自责，你可知朕为什么让你提前动身到滁州？”
“臣先前不明，在路上想通了，您是故意打草惊蛇，引蛇出洞。”
朱由校微微点头，道：“师傅说的不错。这次刺杀朕的刺客一个也没有抓住，四号没有线索。能知道朕行踪的人不多，又敢行刺朕的也一定是一手遮天的人物，我想，这个人一定在朝中，至于是谁，我始终想不到。就让你们提前启程，必能引起他们的注意，可能会派人来探听朕的消息。”
孙承宗道：“臣也是这么想的。只要朝中有人来假借探望陛下，必是凶手无疑。”
孙承宗的到来，给朱由校这几天内得惊心安下了定心丸，他在滁州稍待几日，静等风吹草动，然而，一切风平浪静，没有任何疑点发生，朝廷派来的人也只是正常的奏疏，并没有什么异常，暗中派人密切观察京师来的信差也没有任何异常举动和言谈问题。
朱由校和孙承宗迷茫了，刺王杀驾这种大事竟然能做到天衣无缝，到底是什么样的人物，能由这通天本事，无论成功与否都是如此的无声无迹。说明这个人对朱由校十分的熟悉和了解。
至于幕后的真凶是谁，朱由校想不到，孙承宗也猜不到，因为这个是不能猜测和臆断的，一旦让皇帝怀疑了谁，那就是血流成河。历史的教训太残酷了，这关系到无数无辜者的生命，再没有确凿的证据面前不能凭空乱猜。
几日来，朱由校在滁州闲来无事，也不敢再微服到滁州城里转转了，只呆在滁州城的临时驻跸的驿馆歇息了十几日，未见任何疑点，就命銮驾启程，向金陵进发了。
朱由校在滁州的十几日，点燃了滁州百姓们的激情，都想一睹天子风采，可惜这十几日来，朱由校连门都没有出，谁也没见过。为了不冷了滁州百姓的心，在离开滁州城的时候，朱由校乘坐开敞式銮车，与送别的百姓们见了一面。
十月，南巡车驾抵达金陵，南京六部十三院及江南总督卢象升率大小官员在城外迎驾。
金陵，是大明开国国都，也是“两京”之一的南京，城高墙厚，地处江南之心，繁华富庶，民众殷实，在进城仪式上十分隆重，这里在作为大明的另一个重要的都城，已经一百多年没有皇帝来过了。
车驾由南京正阳门进入，经承天门入皇宫。在奉天殿接受了百官的朝贺。
第二天清晨，朱由校带百官到紫金山孝陵祭拜太祖，后巡视南京城，与百姓同乐。下午，召见江南官员。晚上，宴请群臣。
这就是朱由校来到南京两天内的行程安排，到了第三天，才是他真正来此的目的，要去宝龙局亲眼看一看建造的新式战船，赵忠南已经给呀看过模型了，但威力如何，还得亲自体验才行。
在卢象升、赵忠南等人的陪同下，他们轻车简从，到达下关口的宝龙船厂，这里曾是明成祖为郑和下西洋时建造的船厂，自罢了下西洋后，宝龙局船厂规模不断缩小，已经没有永乐年间的规模了。二百多年来，宝龙船厂多建造商船，大型舰船已经很久没建造了，这一次仿造的荷兰舰船是至郑和下西洋后二百百年来第一艘大型战船。
朱由校初见这艘战船，也被震撼住了，他没想到在这个时代纯木质的战船也能造的这么大，目测一下，估摸着船长120米有余，宽四五十米，两侧有四层炮口，数了一下，一层12门炮口，一面48架炮，船头前后各有炮位，这一艘战船上总计能装一百多大炮！
火力够强！
朱由校登上这艘战船，来到船首，迎着江面上吹来和顺的风，抚摸着舰首上的火炮，一言不发，思量许久。
跟在后面的官员们也都默不作声，卢象升感觉皇帝会赞许这艘战舰，赵忠南却始终觉的有些不足，但不知哪里欠缺些，朱从登船到现在一言不发，他心里更加没底。
沉寂了一会儿，朱由校才转过身来，对他们意味深长的说：“这艘战船造的不错，但是太大，影响了机动性，容易被敌军舰炮击中。在朝鲜露梁海战中，朝鲜的战船比倭国的战船先进的多，才奠定了海战胜利的基础。我们也要以此为鉴，可在船身铺设铁甲，增强防护。现在的海战，已经不是单纯的刀箭对抗了，是火炮的对抗，谁能抵挡得住火炮的抗击，谁就能赢得最后的胜利。”
然后他指着赵忠南和郑芝龙说：“你们一个是大明的技术大才，一个是海战专家，要通力合作，尽快造出我大明最好的战船。那些造船的工匠们也不乏大才，可集思广益嘛，不是有句话叫高手在民间，你们不能闭门造船，要充分发挥百姓的智慧，谁能解决技术上的难题，朕不会吝啬，给官给钱，让他光宗耀祖。”
“遵旨。”
两人附身领命。
“先做出一个模型来，让朕看看再建造。”朱由校对他们俩叮嘱道。
看完战船后，他们就马不停蹄的去视察新军的编练情况。
新军军营就在金陵城北，原是南京五都督府驻军所在地，自迁都北京后逐渐荒废，现改为新军训练之地。新军按照新式军种编制，和京师三大营如出一辙，有炮兵、骑兵、火枪兵等军种，这些新军都是从南直隶、浙江等地抽调的精锐，约有3000人。
朱由校到达新军军营后，三军早已整装完毕，贺耿、邓长青、许正升各率所部列阵在军营之中，金陵城内的守备以上武官都在此等候。
三军呈现凹字形排列，一百门火炮在前，骑兵在后，火枪兵在两侧。三军军容整洁，士兵面色严肃，眼神冷峻，气势凸显。
朱由校也是一身的戎装，出现在他们面前，立即吸引了他们的目光。站在检阅台上，扫视着数千将士，他也是心潮澎湃。
“明军威武！”朱由校站在检阅台上，对着三军发出吼声。看書喇
“陛下威武！”三军异口同声回答。
“将士们，你们很好，”朱由校大声的对他们说：‘朕南巡至今，是最高兴的一天，因为见到你们，又见到了我大明军队的盛威。你们是我大明的精锐，是保卫我大明疆土的钢铁长城！给你们配发的，是当今世界上最先进的火枪和大炮，战马也是蒙古草原上最好的良马，将来，还会有更多的先进装备配发给你们，你们会是这个世界上最强大的军队！朕会给你们建功立业的机会。作为军人，要牢牢记住你们的职责：效忠大明，听从指挥，不怕牺牲，勇往直前！”
“”效忠大明，听从指挥，不怕牺牲，勇往直前！”
高亢洪亮的声音在军营之中久久回荡……
接着，贺耿手中的军旗一挥，开始了辛军的操演……
回到宫里，朱由校对贺耿、邓长青和许正升训练的新军还比较满意，他让卢象升筹划，在金陵城南选址建营，扩建新军，又向他询问了江南官吏、海贸、关税、盐政等情况。
他到任江南不久，就着手清查海关，由于海关直属朝廷海关司，账目不便清查，所以暗中派人暗中寻查，确实发现了不少漏洞，有的地方官员和海关司沆瀣一气，虚报进出关口货物，逃避关税，还有从南洋偷运货物，不经海关纳税，直接进入了一些当地富商奸商的手上，倒卖牟取暴，我们的产的瓷器、茶叶、丝绸、中药等在海外是紧俏货，有些卖的比黄金还贵，利润十分丰厚，所以很多农民弃粮不种，改种桑茶，致使米价年年上涨，现在市场上的米价已经是天启元年的两倍了。
朱由校吃了一惊。
卢象升又说，农民种粮食不如种桑茶值钱，可粮食涨价，种了桑茶卖的钱又买不了多少粮食，如此反复，种粮食的越来越少，粮食越来越贵，百姓们也会越来越艰难，朝廷虽然得了海贸的利益，可长此以往，米贵伤民，终究会动了根本。
朱由校眉头一紧，沉思片刻，忧虑的说：“人们都是趋利的，朕开放沿海，大力发展海贸，早就想到了巨大的利益下必然会催生腐败，却疏忽了对农民种粮的积极性。你考虑一下，可减赋税，增桑茶税，找一平衡点，既不伤农，也不挫海贸。”
卢象升俯首应命。
“朕至金陵，沿途州府县多有不法之徒，贪财好利，戕害百姓，民风奢华。尤其定远县，欺民罔上，念其已死，不再追究，县丞撤职抄家，贬为庶民永不叙用。”
卢象升吃了一惊，立即明白了定远知县突然暴卒的原因了。
接着，朱由校又召见了郑芝龙，当着卢象升的面，让他现在开始筹备水师，那艘新造的战船就作为训练船使用，首期就先组建一支1000人左右的水师官兵。在他南巡结束后，他还要到那艘船上去看看水师官兵们，他告诉旁边的卢象升，一定要支持郑芝龙组建水师，这将关系到大明在未来是否能驰骋海洋的关键一步。
安排完卢象升和郑芝龙，他又单独召见了孙传庭，此时的孙传庭年方三十五岁，正是意气风发的壮年。
对孙传庭，朱由校是寄予厚望的，毕竟也是一代名臣，稍加历练，其成就必会超过前代。
他向孙传庭咨询了浙江的一些情况后，决定去杭州沿海等地看看，那里是长江出海口，是东部最大的港口，最能体现海关贸易的情况。