南下布局，也需要这两个大才，在外放任这么久，也该放出来施展一下才华了。于是，他让军机枢密处下旨，赐还在山西的孙传庭为左都御史衔，出任南直隶布政使司兼巡抚，洪承畴赐左副都御史衔，出任浙江布政使司兼按察使司，旨到即刻上任。
这两地是江南最富庶的地方了，交给这两个能臣，想必不久后回更加繁荣。
卢象升的伤势也痊愈了，朱由校也迫不及待的让他返回朝廷，当朝赐他武英殿大学士，入内阁，出任南京总督，节制南直隶、浙江、广西、福建、广东、江西六省行政军务。
此旨一出，举朝震惊，这相当于将大明一半的江山交给卢象升了，大臣们有嫉妒的，也有担忧的，这六省是整个大明王朝最富庶的地方，谁要是有不臣之心，足以和朝廷分庭抗礼。许多大臣反对，但朱由校一概置之不理，仍然让他出任南京总督。
在散朝后，朱由校单独将他留了下来，对他说，到了南直隶后，制所就设在南京，不仅要为大明建造一支强大的舰队，也要整顿海关贸易，不得有重农抑商的思想作祟，要农商兼顾，海贸开展这么多年了，虽然朝廷赚了不少钱，但也开始滋生腐败了，一定要好好的查一查，不能让蛀虫毁了海贸。第二件事就是整顿武备，新军在几次的征伐中显示了强大的战力，所以，要全面建成新军，他会让蒋达华、贺耿、许正升、邓长青四人为南京新军提督，负责编练新军，另赐海澄公郑芝龙南京都察院左都御史衔，跟随他到南京帮助他建造舰队和管理海贸事项。
最后，他还特别交代，孙传庭和洪承畴两人是能臣干吏，一定要用好他们俩，定会给他很大的帮助。
出了宫，卢象升也是暗暗的感叹，虽然皇帝让他节制江南六省，新军的编练却牢牢的掌握在他的几个心腹手里，还提前安排了和他毫无关系的孙传庭、洪承畴，这两人没什么声望和背景，却被皇帝如此器重，看来皇帝对他掌管江南六省也是有所忌惮啊！
第二天，卢象升进宫面圣后，就带着夫人离开京上任去了。
天启八年七月，漠南九城初具规模，满桂分兵驻守，为节约开支，朱由校诏令遣返一半民力，召回袁崇焕，入京，加封文华殿大学士，入内阁。
漠南九城的建成，巩固了大明对漠南的管制，漠南诸部基本被牢牢的“看住”，没有大的作为，对喀尔喀三部和漠西四部也形成了巨大的威胁，喀尔喀三部和漠西四部也加紧了联系，准备结盟对抗大明。
袁崇焕回京后对这件事，就上书陈述喀尔喀三部和漠西四部的加紧勾结，将来必为北方之大患，请求朱由校在他们未形成稳固的联盟之前，出兵征服喀尔喀。
在乾清宫东暖阁，朱由校捧着袁崇焕的奏疏，对着孙承宗、徐光启、黄嘉善等重臣，咨询他们的意见，结果除了徐光启不言语外，孙承宗、黄嘉善一致同意袁崇焕的奏疏，孙承宗更是力主陈述，“自秦汉以来，魏晋、唐宋，皆受北方匈奴、鲜卑、突厥、契丹、瓦剌、鞑靼之祸，千百年来中原无不深受其害，晋、宋又被灭于北方蛮夷，历朝历代也皆以抵御北方胡人为国策，我大明更是天子守国门，两百余年皆是不变之国策，当今是我大明开拓北疆，一绝千年忧患的大好时机，应趁此机会收服喀尔喀和漠西诸部，永除后患，至于经略南洋，完全可以解决北方之后再做打算。”
朱由校“呵呵”的笑了起来，将手中的奏疏放在案头上，站起来走到他们面前，对他们说：“卿给我罗列了这么多的例子，却不见战国时代东方六国五纵伐秦皆败，是何道理？有人给朕说说吗？”
几位重臣顿时哑口无言，面面相觑。
“不要不吭声啊，”朱由校笑着说：“袁爱卿，这奏疏是你写的，你来说吧，东方六国为什么五纵伐秦而败呢？”
袁崇焕拱手回道：“六国虽然合纵，但各怀异心，为保存实力，无一国真正出力，所以五纵攻秦皆败！”
朱由校点点头，“呵呵”笑道：“朕小的时候就常听一个故事，说是一个和尚挑水吃，两个和尚抬水吃，三个和尚没水吃。讲的就是这个道理，人越多，怀的心思就越多，如今漠西四部尚不和睦，又来了喀尔喀三部，他们就真的能拧成一团吗？今天合纵联盟了，明天说不定就翻脸了，他们就像当时的东方六国，我大明就是当时的秦国，他们合纵，咱们就连横，几个跳梁小丑而已，不足为惧。”
几个大臣哑口无言。
“你们跟随朕这么多年了，见识也该涨了不少，”朱由校在他们面前踱步的说道：“该让你们出去见见世面了，等你们走向世界，就会发现，外面很大，那里有我大明的未来。”
朱由校看了看不吭声的他们，又问了一遍，“你们还有什么事吗？如果还是北方的事就不要再说了。”
众人俯首异口同声的回道：“谨遵陛下旨意，臣等无事。”
“好，你们没事了，朕还有一件事要与你们商量，”朱由校郑重的说道：“朕要南巡，要到江南去看看，下一步要从红毛子手里收复台湾，就不得不看看咱们大明最富庶的江南之地呀！”
“陛下要南巡？”孙承宗讶道。
“是啊，你也跟着去，到江南走一走，看一看咱们美丽的锦绣河山，看看你我二人这几年执政的变化。咱们不能总是居庙堂之上，也该下去走走，考察民情，才能更好施政呀。”
朱由校走到徐光启跟前，“我和孙阁老南巡，朝中就由信王监国，你主持内阁和军机枢密处的日常事务，若有军国大事不能决，可驰报于朕。”
南巡的事就这么顺利的定下来了，几个重臣没有反对，皇帝巡视天下只有国家昌盛，民众丰衣足食的大盛之世才会有，现在正是如此，皇帝南巡是彰显国家昌宁，恩泽天下的盛举，所以，没人有理由反对皇帝南巡。
朱由校南巡的诏书于八月颁布，诏书中特别强调，沿途各地官府不得借南巡之机铺张浪费，扰民摊派，迎驾之事一切从简，随行官员，也不得借机索拿，沿途各地百姓，有冤屈不得申者可拦驾申诉，地方官员不得阻拦。
南巡诏书一出，江南震动，沿途各地皆开始做迎驾准备。
九月，朱由校派袁崇焕为南巡钦差，先行视察沿途各地迎驾之事，嘱咐他要多明察暗访，防止各地官员借机不法，也顺便考察江南吏治。
十月，朱由校和张皇后度过了甜蜜的一晚，亲了亲还在襁褓中的朱慈燃，便踏上了南巡的道路，信王朱由检率在京的文武官员到正阳门外为朱由校南巡送行，百姓也万人空巷跪送。
江南，朱由校已经去过一次了，那还是他登基后不久微服私下的江南，这次是光明正大的下江南了。朱由校在銮驾内透过车窗向外看去，道路两旁的农田里是正在忙碌收割庄稼的农民，这几年请丈田亩、打击豪强劣绅、摊丁入亩、退耕与民的政策再加上培育改良的种子，粮食亩产翻倍，粮食年年丰收，赋税的不断下调，极大的调动了农民的积极性。看着忙碌的农民们，朱由校是欣慰的。
车驾行至通州，改由水路南下，此地是京杭大运河的最北端，已于前年疏通。朱由校在此登上龙舟，顺水一路南下。
海贸的发展推动了内地工商业的发展，京杭大运河作为内地重要的水道，自然也成为南北最为忙碌的交通要道，皇帝乘船南下，官府也就禁止民船通航。朱由校在龙舟上看不到一条商船，才发现是自己的原因造成了这么重要水道的停运。
京杭运河停运一天，就会给民间造成不小的损失，按照行程，朱由校要考察沿途州府，需要一个月的时间才能到南京，这一个月会对南北漕运、商运造成不小的损失，最直接的是造成北方米价上涨，不利民生，于是，船行至德州，朱由校便下旨，以到中都祭祖的名义，弃水路改陆路。
中旬，抵达中都，朱由校在此举行了祭祖仪式，然后明令在中都停留十日，十日后再启程南下。实则暗中令孙承宗留在此地跟随銮驾，他自己带着程化祥、骆明和几个侍卫先行离开继续南下了。
他要真实的了解民间情况，而不是看各地官员早已给他准备好的风景。