一开始，能看见小银在若叶镇空木研究所旁边，他在观察所内的情况。主角如果与他交流，会被他推开。当从宝可梦爷爷那里回来，到达吉花市右边路口时会遇到偷走空木博士宝可梦的他，并和他对战，此时他被称为？？？。回到研究所时，警察会询问主角他的名字。在喇叭芽之塔里他打败了光圣，光圣说他尽管实力强却不关心宝可梦，结果被他回嘴。
赶走呆呆兽之井的火箭队后，走到桧皮镇左边路口时他会出现，挑战主角。在烧焦塔内也会遇到他。主角到浅葱市时能看见他从道馆出来，并说“那个柔弱的道馆馆主”不在。湛蓝市的诚儿对主角说有个“和你差不多大、头发有点长、眼神犀利的人”抢走他一只心爱的宝可梦，即小银，这只宝可梦就是他队伍中的狃拉。
后来在卡吉镇的火箭队基地遇到他，他本想自己去教训火箭队，却被一个披斗篷的驯龙师打败了。火箭队占领满金电台时，来到满金地道需要用地下钥匙打开的秘密房间后他会出现，此时他仍旧打算自己去收拾火箭队。他也会在冠军之路出现。
登入名人堂后，在月见山可以遇到他并发生对战，他已经明白了自己所缺少的东西。击败他后，星期一、三可以在石英高原里和他对战，星期二、四则可以在龙穴里遇见他修行。
小银的剧情与《金／银／水晶版》大致相同。不同的是，初次与他见面他被称为少年（暂译，日文︰しょうねん，英文︰boy）。额外的，主角在满金地道假扮火箭队队员后来到满金电台打算骗过门卫时他会出来拆穿主角。得到空木博士赠送的大师球后，来到缘朱市能遇到从缘朱舞场出来的小银，他被和服女孩们打得落花流水。在冠军之路，他会解释这里一个人也没有是因为都被他打跑了。
在月见山与他对战后，回到若叶镇研究所，会触发事件，研究员告知主角，小银曾返回研究所道歉，但空木博士见到那只宝可梦受到良好照顾，与小银之间已产生极为强烈的信任关系，便正式赠与给小银。每星期一、星期三可以在石英高原里面，顺著楼梯向上走准备进入四天王房间前，可以重复对战，星期二、四还能在龙穴看到他，此时他身后跟随着他的最初的伙伴，而且他的大嘴蝠进化为了叉字蝠，说明他已明白和宝可梦搞好关系的意义。事实上，空木博士表明他已经回去道过歉了。阿渡和小椿也在这里，主角需要与小银联手对抗他们俩。
与电影院的时拉比同行来到栎树林的话，可以穿越时空来到三年前的２２号道路，可以看到他和准备重建组织的坂木争吵，并且立下“只靠自己的力量变强”的誓言。
当通过了所有竞技场杯赛和道馆馆主城堡后，一个神秘的山洞会出现在白色市右下，那就是打倒劲敌（暂译，日文︰ライバルをたおせ，英文︰vsrival）的地点，小银就在这里。主角可以使用6只宝可梦挑战他，来自究极杯的出租宝可梦或从gb游戏传输的宝可梦。打败小银后，就可以开启里模式。
继承中，小银偶遇帅哥，他回想起小时候不理解为何坂木被两位训练家打败后就解散火箭队。同时也表露了自己想成为强大训练家的愿望是出自对父亲的叛逆。和帅哥交谈后，他准备挑战石英高原宝可梦联盟。
片尾中只称他为“坂木的儿子”。
当空木博士拜托她去住在吉花市北边的宝可梦爷爷那里跑一趟时，琴音的旅程开始了。考虑到她可能会在路上遇到危险的野生宝可梦，空木博士还送给了她一只最初的伙伴来防身。临走时，琴音看到一个和她同岁的奇怪男孩正在空木博士研究所外偷窥。当她想要跟他说话时，男孩粗鲁地推开了她。在宝可梦爷爷的家里她还遇到了大木博士。大木博士看出琴音与宝可梦之间的牵绊，交给了她宝可梦图鉴。在回家的路上，琴音遇到了偷走空木博士的宝可梦的小银。在战斗中击败他后，琴音得知了他的名字并告诉若叶镇的警察。空木博士鼓励她去挑战石英高原。
自此琴音开始了她在城都地区的旅程，对抗道馆馆主收集徽章。在烧焦塔，她和水京有幸目睹了凤王卫队的复活。后来她又前去湛蓝市秘传药店取来秘传之药，治好光辉灯塔的电龙光儿。在愤怒之湖，她遇见了奇怪的红色暴鲤龙，之后便与神秘训练家阿渡一起调查卡吉镇的火箭队基地。后来她又击溃了占领满金电台的火箭队残党，粉碎了他们企图复活的阴谋。集齐8枚徽章后，在缘朱市缘朱舞场得到了和服女孩们的认可，她们前往铃铛塔协助琴音召唤凤王hg/前往漩涡岛协助琴音召唤洛奇亚ss。之后，琴音来到了石英高原挑战宝可梦联盟。
登入名人堂后，琴音从浅葱市乘坐水流号到达了关都地区，展开了新的旅程，继续收集徽章。在旅途中她还顺便帮忙找回了关都发电厂被偷走的零件。凤王卫队中的水君在四处逃窜后，最终待在了２５号道路的海角，水京会在此见证主角和水君的对决。
获得16枚徽章后，在真新镇得到了大木博士的首肯，琴音经由２８号道路前往白银山，直面在三年前成为宝可梦联盟冠军之后不久便隐居白银山巅修炼的传说训练家赤红。
如果选择阿响为主角，在一开始妈妈会提到琴音刚才还来玩了，出门便能与她和她的玛力露相遇。
她会在２９号道路向主角演示如何捕捉野生宝可梦，之后送出精灵球×5。在连接３１号道路和桔梗市的闸口，她会送出对战记录器。她的祖父母在３４号道路经营培育屋，初次来到这里她会告诉主角她的宝可装置号码。在满金地道，她会送出饰品盒。获得8个徽章后，在她会在空木研究所内为主角庆祝。因为空木博士接到了和服女孩们的请求，让主角前往缘朱舞场，因此如果主角企图前往２７号道路的话琴音会叫住主角。她有的时候会出现在若叶镇自己家的二楼，和她的玛力露一起玩。在对战舞台也能见到她。
与电影院的时拉比同行来到栎树林的话，琴音会和主角一起穿越到过去。